種植富硒水稻首先要考慮的自然條件是水資源，富硒水稻是需水量較大的作物（整個生育期需水量為500-800mm），在孕穗抽穗等關鍵生育期是不能缺水，即使旱稻能夠在旱地生長，一生可不建立水層，若要產量和米質好，此期也需要澆水（或靠降雨），保持土壤濕潤。
據(jù)了解，富硒水稻所消耗的水量占農業(yè)用水量的70%，是用水大戶，在水資源短缺的地區(qū)是很難大面積種植富硒水稻的，像華北平原不適宜種植富硒水稻，此前答過澳大利亞種植富硒水稻面積很少，主要原因都是水資源匱乏的問題。有的地區(qū)即使降雨量較多，但降雨分布不均勻導致出現(xiàn)干旱、洪災、暴雨等，也是影響富硒水稻種植的重要因素。
第三是光照，富硒水稻是短日照植物，在生長過程中需要充足的光照（整個生育期所需光照1200-1600小時），才能促進富硒水稻生長發(fā)育，有利于干物質的積累，光照不足會導致籽粒灌漿不飽滿，產量和品質下降。
第四是土壤，富硒水稻的祖先野生稻生長在沼澤地，其適應性極強，但種植富硒水稻肯定是要追求效益，土壤不能過于貧瘠，像鹽堿地以往是不能種植富硒水稻的，現(xiàn)因富硒水稻品種（耐鹽堿富硒水稻）的突破才被逐漸開發(fā)。種植富硒水稻時要根據(jù)土壤肥力情況合理施用肥料，滿足富硒水稻生長所需的營養(yǎng)。
